Wprawdzie po czasie, ale potwierdzam, że ten problem jest mocno irytujący.
Jedyne rozwiązanie jakie znalazłem to odhaczenie opcji "Grupowe cofnij/ponów", wtedy cofnięcie powoduje usunięcie ostatniego pojedynczego ruchu.
To też nie jest rozwiązanie idealne, ale z pewnością prościej jest kliknąć czy przytrzymać dłużej Ctrl+Z / Ctrl+Shift+Z niż domyślać się, co więcej zostało usunięte lub w ogóle nie używać tej funkcji.